Es el único eje del instrumento que amplía la mirada a toda la institución, ya que su actuación influye directamente en la materia. Se comprende la institución como un mesosistema que se constituye de microsistemas de aprendizaje (espacios intra y extraescolares), actores (profesorado, colaboradores, alumnado y familias) y conexiones entre ellos. En los microsistemas influyen todas las decisiones tomadas con respecto a la estructura institucional y sus procesos, además de aspectos determinados por las/los agentes líderes.